台州市慈善总会成立以来，非常重视慈善助医工作。2003年6月20日，市慈善总会创造性地在台州市博爱医院建立了“台州市慈善总会博爱医院慈善救助中心”，为最低生活保障线以下的特困老年人、特困残疾人等患病的群众发放慈善医疗救助卡，提供医疗救助，每年救助500人，每人600元，并享受一系列诊疗优惠政策。2004年，市慈善总会与椒江、黄岩、路桥三区分会又在市第一医院、市立医院等7家医院建立了“台州市慈善救助中心”，慈善医疗救助对象扩大到1676人，每人每年享受600元的定额医疗救助，至此市区的慈善医疗救助体系基本形成。2005年，继续实行医疗救助，同时市慈善总会又参与台州市政府牵头实施的惠民医院筹建工作。10月25日，台州市惠民医院正式挂牌运作，椒江区的3000名城乡最低生活保障对象、农村“五保户”和城镇“三无”人员等成为首批受益者。

 本会连续三年与有关医院联合开展免费体检、慈善义诊活动受到困难群众的普遍欢迎。2003年6月26日，台州市中心血站39名职工向市慈善总会捐赠13600毫升血液，建立“慈善血库”，拟转送北京，救助非典特困病人和见义勇为者，曾被《中国红十字报》宣传报道。同年，台州市慈善总会与市抗癌协会为癌症患者战胜病魔，拨出专项经费5万元开展“健康活5年，手拉手相约北京看奥运”活动。三年来对320多名患癌症、白血病、尿毒症等特困重病人和突发事故的特困群众及时拨出救助款172万元，进行重点救助。